1849年 65岁
在云贵总督任上。
春 整顿云南矿厂，主张“招集商民，听其朋资伙办”。开采银矿。
整顿铜政。维护“放本收铜”政策。
6月 云南腾越厅卡外少数民族起义，饬令迤西官兵镇压。
7月 因病请假治疗。
8月 以病情加剧，奏请开缺回乡讲治。
9月 道光帝下旨准予病免。
10月 扶病东归。
1850年 66岁
2月 归途至江西南昌，暂寓百花洲养病。
25日 道光帝死，奕詝继位，改明号为咸丰元年。
4月 返抵福州、寓文藻山宅所。
5月 咸丰帝下诏求贤，潘世恩、孙瑞珍，杜受田先后上疏荐林则徐，穆彰阿阻挠。
6—10月 联合福州市民，反对英人入城。
整理旧稿，辑《云左山房诗钞》等。作《消暑随笔跋》、《重修福清文庙碑记》，瞩刘存仁校勘《西北水利》。
10月 咸丰帝下旨命林则徐为钦差大臣，驰驿前赴广西。
11月5日 奉旨为钦差大臣，带病从福州启程，前往广西镇压天地会起义。
11月16日 至广东潮州，病情恶化吐泻不止。
22日 死于普宁县行馆。
12月 咸丰帝下诏晋赠林则徐太子太傅，照总督例赐恤，任内一切处分，悉予开复。
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