林则徐帮助怡良揭露琦善私割香港的卖国罪行后，一面急切地等待道光帝的决定，一面担起“协办夷务”
的责任，筹划防守。但是，16日折差带回的谕旨使林则徐大失所望，道光帝一面称“昨复派奕山、隆文、杨芳带兵赴粤剿办， 势难中止”， 一面又同意琦善“设法羁縻”，说“该大臣冒重罪之名，委曲从权，朕已鉴此苦衷”。大兵未到，“羁縻”依旧， 在这种谬妄的政策下，岂不只有束手待毙？
这时，英军正在澳门海面紧急集结，义律已经决定发动战争，迫使琦善在《善定事宜章程》上签字。
琦善不得不派刚到达的贵州兵1000名，湖南兵900名，会同粤省兵700名，装出抵抗的姿态。然而，这已经太晚了！25日，英舰18艘顺利突入虎门，首先把横档、永安两炮台守军团团围困了，根本无法运兵增援。26日拂晓，英舰向虎门各炮台发起总攻击。中午，横档、永安两炮台遂告失守。接着，英舰集中攻击靖远炮台及两侧的镇远、威远炮台。下午2时，守军阵亡大半，英军乘势登岸，直扑炮台。
关天培不幸以身殉职。靖远、镇远、威远失陷后，大、小虎山守军不战而退。虎门保卫战悲壮地失败了。
第二天，虎门失陷，关天培、麦廷章殉国的噩耗传来，林则徐悲痛欲绝。他挥泪含痛为关天培、麦廷章撰写了一帧挽联：
六载固金汤，问何人忽坏长城，孤注空教躬尽瘁。
双忠同坎壈，闻异类亦钦伟节，归魂相送面如生。
英军攻破虎门，溯珠江而入。27日，直攻乌涌卡座，轻易地摧毁了乌涌土炮台。琦善束手无策，英军步步深入。3月1日，英军又攻占了潖州炮台，广州垂危！3日，琦善急令余保纯赶到黄埔求和，竟同意义律提出的、比《善定事宜章程》还要苛刻的《戢兵条款》，义律喜出望外，答应停止进攻3天， 等待琦善在卖国契约上盖用钦差大臣关防。
林则徐坚决反对琦善的乞和行径。决定出资自雇壮勇出来应敌。“督催壮勇，共得560人”， 广州爱国士绅、商人也纷纷捐资雇勇。一位爱国士绅主动代付广益行雇募壮勇300的雇资。就在林则徐积极捐资雇勇，组织民众保卫广州的时候，3月5日，道光帝派来的参赞大臣杨芳驰至广州，义律和琦善秘密达成的《戢兵条款》， 因不能如期盖用公印而失败。
12日，道光帝接到怡良揭发琦善割让香港的密奏，决定将琦善革职锁拿，押解来京，严行讯问，所有家产查抄入官的谕旨到粤。13日，琦善及鲍鹏等卖国贼在副都统英隆押解下，离开广州进京。
林则徐反对琦善割地乞和的斗争，是他被革职之后，坚持抗英爱国活动的一个重要内容。
参赞大臣杨芳在清廷武员中算是一位“久历戎行”的宿将，道光帝特调老将出征， 寄以莫大的期望。
然而，杨芳是个“内战内行，外战外行”的屠夫，广州的危局不但没有解除，反而更加严重了。3月14日，英军进犯香山县，炮轰县城，16日，义律决定摧毁广州城外一切工事，进击广州。此时的林则徐，又回到琦善当道时的处境了，他再次奔走羊城，忙于战备。18日，英军源源驶往广州，猛击两岸城厢，攻破诸多炮台，下午4时登陆占领商馆。19日提出恢复通商为休战条件，杨芳等决定接受。21日，英船陆续退出广州。休战后，义律通过恢复贸易大捞了便宜。休战后的半个月中， 林则徐沉默了。“身同羁绁”，他为杨芳没有利用休战的机会加强战守而濒于绝望，归田隐居的情绪如涛涌现，连梦中也呈现和家人一起度过庾岭还乡的情景。4月8日，正值郑夫人生辰，他想到鸾飘凤泊，家室苍茫，和自己留滞羊城的痛苦，写下了两首七律《辛丑三月十七日室人生日有感》：
敢将梁案举齐眉，家室苍茫感仳离。
度岭芒鞋浑入梦，支床蓬鬓强临歧。
剧怜草长莺飞日，正是鸾飘凤泊时。
婪尾一杯春已暮，儿曹漫献北堂卮。
偕老刚符百十龄，相期白首影随形。
无端骨肉分三地，遥比河梁隔两星。
莲子房深空见薏，桃花浪急易飘萍。
遥知手握牟尼串，犹念金刚般若经。
4月10日，林则徐突然接到靖逆将军奕山、参赞大臣隆文的来信，约他面商大计。这时的林则徐，心中又燃起了希望，他冀望自己的抗敌主张能够打动奕山，便竭尽心思，写出了一份长达2000余字防御粤省计划，这个计划实际上也是林则徐的抗英经验之谈。
然而奕山根本没有也不可能采纳林则徐的建议，无异于对牛弹琴。
自削职以来，林则徐怀着抗敌救国的热忱，向当权者献策，一次接一次地遭到冷遇，他毅然催促怡良揭露琦善卖国行径，捐资招募壮勇，备办火船，也无补于广东时局的垂危。向奕山提出抗英方策，不顾当事者是否采纳，在他看来，这就是鞠躬尽瘁，尽了臣职。所以，当上书奕山被冷落之后，他想的还是如何以“一片赤诚”去感动这位“靖逆将军”。不巧因受凉感冒，身体不适，他几天都未出家门。5月1日，便接到道光帝命令他离开广州的谕旨：
著祁土贡、怡良传知林则徐，赏级四品卿衔，迅即驰驿前赴浙江省，听候谕旨！
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