7月初，林则徐南下途经镇江时，得到胡夏米船在吴淞口外寄碇的消息，立即将其驱逐出境，胡夏米假意南返，半途折回，北上山东沿海，于15日出现在刘公岛海面。林则徐对胡的真实意图当然也毫无所知，当道光帝追究胡船复驶山东的缘由时，他无法做出正确答复，但向道光帝报告，如胡再次来苏，即密派文武大员上船查个究竟，“如有鸦片烟土等物， 饬令尽数起除”。可是胡船终究没去江苏，林则徐也就不可能揭开胡船事件的秘密了。
林则徐上任不久，江南一带晴空万里，酷暑逼人，大地龟裂。可是，江北一带却因洪泽湖水盛涨，村庄田禾被淹，徐州府属各州县滂沱大雨，黄河异涨，酿成水灾。9月15日，桃源县陈端等土豪劣绅，却纠合多人盗决大堤，引黄灌地，酿致淮扬一带一片汪洋。
警报传来，林则徐立即于10月2日赶到扬州，沿途查勘水势，9日赶到清江浦，一面视察黄河决口处和湖水出路，一面严讯挖堤要犯。奸民盗决南河的消息传到北京，道光帝火速饬令林则徐限期捕获全案罪犯、人证。但由于首犯陈端逾限追捕无获，林则徐受到降五级留任的处分。
林则徐一返回住所，立即着手处理焦头烂额的钱漕事务。江苏的漕务比他省繁重得多，弄得他“寝不能寐，饭仅一盂”，“精力日以消沮，心绪日以恶劳”。
林则徐竭力筹办新漕，严厉处分办漕迟误的震泽知县张享衢，总算做出了成绩，在江苏秋收仅六成的情况下，苏、松等四府一州征兑了新漕，还带运1831年水灾欠下的漕米20万石，“为历来所未有之多”。
林则徐以报国忧民之心，在江苏巡抚任内，躬亲任事，和两江总督、漕运总督等反复函商，剔除弊端，立定章程，限制州县浮收和旗丁勒索，且规定闸坝人夫用费，派精干官员验漕督运，以保证漕运畅通无阻。
处理灾区善后是林则徐面临的又一大务。他心绪纷乱地度过1832年，迎来的却是更加艰难的饥岁凶年。1833年夏秋之际，江、扬、淮、徐一带雨水滂沱，十分之七八的府县被江水淹没，江南四州县到10月至12月间，也连遭风雨，田禾霉烂生芽，收成无望。接二连三的天灾，使“闾阎生计日蹙，朝夕不饱”，农民“口食无资”，纺织为生者也因“连岁棉荒歇业，生计维艰”，而农村的长工、短工和城镇的踹匠、染匠、机工等“任筋力者，遂无可趁之工”，扶老携幼，到处流浪。 地主也陷入“未得收租”、高利贷“无可牟之利”的窘境。
面对这样的局势，林则徐火速与陶澍往来函商，奏请缓征江南漕赋，拨发赈银，以苏民困，但受到谕旨训斥。林则徐“不揣冒昧，破格具奏”，单衔上奏力争。上奏以后，林则徐仿照明代周忱的酌剂公私田加耗减耗之法，也即名为“暗减”的办法，请求朝廷对常州府属各县一律普缓数分，并免于造册。素来吝财的道光帝，当然不满意，下旨密令陶澍追查林则徐奏请普缓一事。陶事先向林则徐通风，林立即写信向陶剖明缘由，指出这样做，一为“俯顺舆情”，二为“杜弊”，希望陶支持他，并表示“将来待有应得处分，自当独任其咎”。林则徐顶住了道光帝的压力，深受江苏人民拥护，陶澍在复奏中也支持他，道光帝无可奈何，只好同意普缓。这个消息在江苏传开后，“疏稿争相钞传，远迩为之纸贵。小民闻之，皆嗟欢聚泣，庆更生”。
连年灾荒，林则徐深感“为民牧者，不能备之于先，而徒临事补救，即云有济，亦千百之什一”。如何提高抗灾能力，确保水稻收成呢？林则徐认为：一要改良稻种，推广双季稻，二要兴修水利，保证旱涝有资。
当时的江南地区只种晚稻，农民反对种植早稻，且列举不少理由。但林则徐深信江苏的地理、气候适宜种植早稻，他决定一面查找文献，取得根据，一面雇请老农在抚署后院试种早稻。
1833年冬，林则徐得悉同学李彦章对推广早稻有一定经验，便找他了解早稻的早种早收之法。并请他编印农书，以便在江南推广。1834年2月，“连雪不止，播麦不及，有播者弗苗”，林则徐乘机又作宣传。3月，李彦章编完农书，取名《江南催耕课稻编》，林则徐即作叙， 叙中力驳江南不宜种植早稻的各种保守论调。为了减少推广早稻的阻力，林则徐从家乡及湖南引来双秀稻种 ， 在抚署后园试种，“以验天时，察物性”。这些试验，后来都大获成功，终使佃农得益而愿种早稻。
1833年底，林则徐在陶澍支持下，开始筹划挑浚刘河和白茅河，并派人具体规划和实施，经过实地丈量和研究方案等一系列筹备工作，于1834年春天订出具体方案，并制定捐资办法，林则徐还带头捐献水利银1000余两。4月9日和16日，白、刘两河工程相继开工。林则徐为使“工归实在，利济农田”，防止官吏督办失责和从中贪污，经常亲自上工地查勘，且“凡树石、桥梁、步头，皆予锲暗记”，以备日后检查工程质量。白茅、刘河相继浚通河身后，林则徐又从5月17日起连续几天前往量验，他根据“暗记”，“有偷减率略不如式者， 察出补复；其尺寸符合，或过深者，一览而得，或奖或斥，人人惊服”。
刘河、白茅河诸水的疏浚，对江南经济的恢复起了一定的作用，且治理方法有所创新，在江南水利史上占有一定的地位。江南士绅在林则徐五十寿辰时，“绘四图以寿”，颂扬他治河功绩。
刘、白工竣，林则徐又筹划疏浚徒阳运河和练湖，委李彦章主持，于1835年2月浚毕，5月30日，林则徐会同李彦章到张官渡察看地形，决定改进新闸于旧闸上200余丈处，又到吕城察看闸坐，酌商修复。与此同时，又和陈銮等筹商，修建宝山、华亭两县临海一带的海塘。上述工程于1836年6月间告竣后，林则徐又于7月2日前往验收。
林则徐除亲自筹划兴办水利工程外，且在他的倡导和批准下，江南、江北各地都陆续兴修了一些比较小型的水利工程。1834年至1836年，江苏大办水利工程，是林则徐经世致用，实行改革的一大成就。
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