再说生活在焦虑中的董卓，最多十天半月的在长安呆一阵，更多的时候则是在郿坞，在全副武器的兵甲层层保护下，谁也把他没有办法。王允等人在根本无机可乘的情况下，决定采取引蛇出洞的办法对付董卓。王允知道董卓早有篡位之心，乃秘密地和汉献帝商议，要汉献帝假装生病躲在床上，然后，使人传播出去，说汉献帝身体大大欠佳，已无心料理朝政，有意提前退休，拟在未央宫接见全体文武官员，宣布重要旨令。其实后宫早已有董卓的心腹向董卓证实汉献帝确实病倒，有意退让，于是，董卓对此深信不疑，喜不自禁起来。
初平三年四月丁已日，天气晴朗而炎热，董卓接获汉献帝旨令，判断汉献帝已准备让位给自己，便特别盛装乘车入朝。从郿坞到皇宫，戒备森严，有如皇帝队伍，步骑兵左右防卫，吕布率队在前前后后不停巡逻，警备上几乎无懈可击，任何人都不可能有机会可乘。
其实，在董卓队伍出发前，王允早命令仆射士孙瑞亲自写妥皇帝诏书交给吕布，吕布便命令骑都尉李肃，率领敢死队秦谊、陈卫等穿上警卫服装，藏身宫门内，准备突击谋刺的行动。
董卓洋洋得意乘车入宫门，心理上毫无这方面的戒备。李肃待其近拢，立刻奔出，以长戟刺之。不料董卓早有在官服内着甲的习惯，故而戟未刺入，只伤及手臂处。
董卓大惊，摔到车下，大声叫喊：“吕布何在？”
吕布奔上前来，大声喊道：“奉皇帝诏书，诛杀逆贼！”
董卓万没料到吕布会如此，无比恼怒，大骂道：“我待你如子，竟然造反，如此忤逆，必遭凶报……”
然而，话未说完，吕布的铁矛已经刺入了董卓咽喉。
敢死队一拥而上，斩下了董卓的首级。
董卓被杀的消息传开，宫廷内外，一片欢呼。长安城内，如同过节，街头巷尾张灯结彩，欢歌阵阵。另一方面，吕布等乘胜追击，将董卓弟董祀及董氏亲属和亲信等，一概诛杀。
王允更下令追剿董卓余党，司隶区的各军团间立刻呈现非常紧张的状态。
吕布军团倒戈及董卓政权被推翻，使司隶军区及长安城内的文武百官及军士，甚至从洛阳被强迫迁来的百姓，和长安原住居民都欢声震动。董卓肥胖的身子被暴露在街上示众，守尸体的士兵，更将董卓肚脐剖开，插入棉灯芯，以其肚子脂肪为油点灯，竭尽侮辱之能事。
汉献帝去了董卓的胁迫和压制，也大大的扬眉吐气了。他立即论功行赏，任命王允为录尚书事，任命吕布为奋威将军，封为温侯。仆射士孙瑞说他并无什么功劳，把所有封赏都辞去了。王允和吕布共同管理朝政，一文一武，辅佐汉献帝。他们追查董卓一党的人，有的处死，有的充军。
左中郎将蔡邕毕竟曾受过董卓的解救之恩，并且董卓一直对他很好，出于这样一种感激之情，去董卓暴尸之处祭悼了董卓。王允知道了这事，大骂蔡邕：“董卓乃逆贼，再不处死，汉室将亡。今将其处死，是大快人心之事，你身为朝廷大臣，且又是国内名士，应当深明大义才对。却反而逆反民意，往悼其贼，难道你真是董卓的死党吗？”
蔡邕当然深明大义，对王允说：“我虽不才，但也知大理，董卓专横，扰乱朝政，罪在当诛。我只是念在私人交情，情感上过不去，故而往悼。如果认为我因此有罪，我不推诿，只求宽罚，饶我一回。”
王允却将蔡邕交给廷尉处理。太尉马日磾知道蔡邕这一去必然凶多吉少，便向王允替蔡邕说情，他说：“蔡邕切不可死啊，他很有学问，又正在写汉朝历史。”
王允摇头道：“前汉武帝不杀司马迁，让他著书，他却借题发挥，毁谤朝廷。现今皇上年轻，若让蔡邕这样的心存异志者继续耍笔，恐怕我们都要被他骂了……”
马日磾只得叹气，蔡邕便在监狱里给逼死了。
最感到焦虑的是董卓原属的西凉军团。驻屯在长安城附近的主帅牛辅，虽阻挡李肃的攻击，却怕吕布乘势追剿，便下令往凉州撤军。不料途中发生兵变，牛辅死于乱军中。董卓原直属部队由李傕、郭汜率领，驻屯于凉州及司隶区边界，幸免于难。他们看到司隶区各军团几乎都在庆祝董卓被杀，心中更为害怕，因此向新政权主持者司徒王允表示投降之意，但王允坚持不肯接受。李傕甚至和郭汜商量打算解散军团，逃亡返回凉州。
但是董卓军团的首席参谋贾诩却强烈反对。他说：“王允刚愎自用，吕布轻浮无谋，此二人一时得志，绝不可能长久。加上名儒蔡邕因吊祭董卓被王允入狱致死这件事，引得朝野非议，文武百官已对新政权表示大不信任。我以为，只要反董卓的情绪稍许平服，王允和吕布便都不会得到支持了。而关东各军团各自忙着扩充自己的势力，对司隶区的变动，早已视若无睹。至于司隶区军团，规模都不大，彼此意见分歧，根本成不了气候。因此众将军大可不必畏怯。”
李傕、郭汜都觉得贾诩所言有道理，便问：“依先生之见，当下该如何动作？”
贾诩道：“应该袭用董卓旧智，引兵攻入长安。只要击败吕布，便可以挟持天子掌握政权。万一失败，再解散逃亡不迟。何况以目前看来，胜的机会很大，若不努力抓住时机，将后悔莫及。”
李傕听从贾诩建议，和郭汜合军攻打长安。
司隶区各军团领袖不满王允专权，又害怕西凉军团勇猛，完全按兵不动。而李傕的西凉军则又得到旧日友军张济、樊稠、李蒙等由西凉赶来相助。于是，居然集结十数万人马，形成浩大之声势。
长安城内，吕布孤军困守，到了第八天夜晚，后勤部队叛变，引李傕军入城。
吕布见状，急引少数亲信及直属部队逃脱。
王允坚持为国守城，终于为李傕所杀。
西凉军团为报复董卓被害之仇，在长安城内大肆掠劫，并屠杀反董卓的文武大臣，司隶区内军团虽人人自危，但只各自防备西凉军团的攻击，却没有人肯到长安城勤王。
东汉王朝再度陷入无政府的混乱局面。
尽管长安城内闹翻了天，但以勤王起义的关东军团，却显得个个无动于衷。大家似乎忘了皇帝的存在，只忙着扩充自己的地盘。
就在这个时候，曹操获得了一个很大的礼物。
张角兄弟发动黄巾党人事变时，最热烈响应的，便是东方的青州。当张氏兄弟在司隶区被皇甫嵩歼灭时，青州黄巾党人尚有百万之众，只是鉴于风声正紧，便暂时化整为零，潜伏不动，以待变局。
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