为了彻底捣毁天龙教，曹操又令群众退去，将天龙教教祠一把火当场烧毁。
一边冲天大火，正在燃烧；一边即按从祠内得到的纳银上贡名册，将从教祠没收的银两，按各册上记数，一一退还原主。凡逃离济南的人，其银两暂由相府保管。
收到银两的百姓真是感激涕零，称曹操为救星。
济南城发生的这一翻天覆地的变化，使曹操铁面无私的名声传播甚远。原先，因受天龙教的迫害而背井离乡远走他乡的人，又陆续回到济南来了。而且，其他地方的一些百姓，也纷纷往济南迁徙。一时间，济南成了天下太平之所，人民安居乐业，商店生意兴隆。
但是，曹操在济南肃清贪污、罢黜无能的郡县官吏的举措，自然又得罪了不少宦官及外戚豢养的特权阶层。特别是天龙教一案，使刘章对曹操恨得要死，便利用他皇亲的身份，去京城散布曹操的流言。于是，朝中上下的既得利益者，就都对曹操极端忿恨起来。
朝中上下这多么人恨曹操，曹操的好日子自然不会长了。
中平二年，即公元一八五年，朝廷下令，将曹操调为东郡太守。与济南相相比，东郡太守还更高一级，名义上曹操是升了官，而实际上，是把他从济南弄开。更有甚者，弄他到东郡任太守，显然是放在宦官能直接控制的地方，以便找机会加害于他。
曹操生性十分敏感和机智，不会看不出这一阴谋。他左思右想，都没有更好的对付办法，于是，决定来一个大胆反常的举动——辞官，曹操的理由是，近来健康状况十分不佳，特向朝廷请长假回乡养病。
曹操为什么有如此举措，内心是这样想的：当此时候，宦官想害他的机锋已露，必须识时务避其锋芒，目前只有请假回乡，不参与政事，才是避其锋芒的最好办法。另一方面，他想到，自己年刚三十，和他同年举孝廉的不少已是五十开外的人，即使日后等个二十年，待天下的乱局较稳定后再出来当官施展抱负也不算迟。
朝中上下都大感意外，以曹操在官场风华正茂、才气横溢之时，居然告假回乡，实在不可思议。但既然曹操态度坚决，朝廷也只得恩准了他。
曹操卸服解印，即日回到安徽老家谯县。他没有住到少年时候居住的地方，而是在谯县东面约五十里的地方，选一偏僻之地，建立了一座小茅屋，独自一人住在里面。他的目的是为了清静，少干扰，以便秋夏两季读书，冬春两季狩猎。如此不问政事，不理俗务，真正过一段独自静养的生活。
可是，事实并不如曹操想的那么单纯，不久，就有人来找他了。当然来找他的并不是曹操日夕皆喜的山野之人，而是远道从京城赶来的。那人带来一封信，曹操看罢信才知道内情。
原来，冀州刺史王芬、党锢之祸主角陈蕃的儿子陈逸、名道教法师襄楷、豪使周旌、著名的策士许攸等人共同阴谋政变，废立灵帝，诛杀宦官，以为陈蕃等人报仇。经许攸建议，他们决定拉曹操加入，因曹操在洛阳城居民间声望崇高，具有民心号召力。
曹操读罢密函，顿觉不妥，赶快写信给许攸，明确表示：
“夫废立之事，天下之至不详也。古人有权成败，计轻重而行之者，伊尹、霍光是也。伊尹怀至忠之诚，据宰臣之势，处官司让，故进退废置，计从事立。及至霍光受托国之任，藉宗臣之位，内应太后秉政之重，外有群卿同教之势，昌邑即位日浅，未有贵宠，朝乏谠臣，议出密近，故计行如转圜，事成如摧朽。今诸君徒见曩昔之易，未睹当今之难。诸君自度，结众连党，何若七国？合肥之贵，孰若吴、楚？而造作非常，欲望必克，不亦危乎！”
从这封信中可以看出，曹操绝不是汉皇帝的“死忠派”。许攸敢建议找他，可能便已看出曹操的真实心态。因此，曹操的反对并非政治伦理，而是政治利害。他认为要废立君王，只有在像霍光对昌邑王、伊尹对太甲的情势下，才有可能成功。那是因为太甲及昌邑均刚上任，权力未稳固。而且内朝的皇亲，外朝的大臣都不支持皇帝，反而较倾向元老权臣的伊尹和霍光，所以废立之事有成功的可能。
像王芬这种由地方发动的政变阴谋，无法在事件开始便控制政权，容易受到中央政府集合各地部队围剿，以七国之乱规模之大，都无法取胜，凭王芬以冀州之力，要想成功，几率太小，故不宜冒险妄动。
曹操的分析其实是很有道理的。但是，王芬等人既然意向已决，便决不会因曹操的反对而改变主意。至于曹操，已向来使表示，即使王芬等人不听他的劝告，要一意孤行，他曹操也不会去告发他们，装作不知道而已。
后来，事态的发展是这样的：不久，灵帝通知王芬，想到冀州去巡视，王芬认为这是千载难逢的机会，便上书表示，目前黑山贼叛乱攻掠冀州郡县，灵帝前来，正好可提升官兵士气。一方面更公开集结州郡兵力，准备灵帝进入冀州便一举成擒。
正好这个时候，北方出现大片红云，太史官卜了卦表示：“北方有阴谋不宜行。”灵帝乃取消冀州行，并下令王芬集结兵力讨伐黑山贼前，先到京城述职。王芬接到圣旨后大惊，以为阴谋败露，乃举家自杀……
曹操闻知此事，非常惋惜，同时也在心中批评王芬太不冷静。不过由王芬一事，说明当时反朝廷的气氛已相当浓厚了。
其实，据曹操所知，自从第二次党锢事件后，朝臣和士族都恨透了宦官，因此对灵帝也相当地失望和反感。在此之前，便有朝中大臣张均、审忠等因公然反抗宦官，指责皇帝而遇害。而且，曹操还知道另一件秘密的事情，就是冀州信都郡令阎忠，游说皇甫嵩军变之事。
皇甫嵩和曹操等人一起大破黄巾起义军以后，一时威震天下。阎忠便对他说：“至难得时运，时运一到，良机便来，所以圣者顺时运而动，智者把握机会发展。现在将军时运当头，若放弃此千载难逢良机，如何享天下之至名呢？”
皇甫嵩对他的话表示不解。
阎忠进而说明道：“天下大势只跟有能力的人走，智者不应受制于昏君。今将军春来出征，晚秋凯旋，有如天降神兵，天下群雄谁不动心，天下百姓谁不爱戴。即使商汤、周武的壮举也不如你，你却依然侍奉昏君，宁不危乎？”
皇甫嵩说：“我日夜为国事操劳，内心一点也不敢忘忠诚，如何会危险呢？”
阎忠说：“从前韩信不忘报一餐之恩，拒绝蒯通劝说，失掉了和项羽、刘邦三分天下的机会，最后才后悔死在吕后之手。当今皇上远不及刘邦、项羽，而将军势力远大于韩信……只要举兵诛除罪恶滔天的宦官，谁也不会和你正面冲突……等到天下平定，你再向天祷告，取代汉王室，登上天子宝座，这才是顺应时势呀！向衰退的王朝效忠，在昏君底下做事是不能长久的，加上将军功勋盖世，难免有谗臣生忌妨之心……如果不早设法，后悔便来不及了。”
皇甫嵩摇头道：“黄巾贼人怎可比秦末项羽，这次的成功并非是我的才能，而是百姓士兵赤胆报国之故啊，你的建议是逆天而行，计划有如空中楼阁，是会闯出大祸来的。我就算受到谗臣陷害，最多不过辞职返乡而已，仍可拥忠义之名，叛逆之说，绝不敢信从。”
曹操知道，皇甫嵩虽然否决了阎忠的建议，但也没有告发或处罚阎忠。由此也可见，一般朝臣对汉皇室的合法性认同，已相当不稳定了。
曹操虽住在极其偏僻的一个小茅屋里，但两耳仍然时闻京城内外的许多事。
后来，曹操听说阎忠参加了凉州韩遂等人的武装叛乱，并继五国之后，被拥立为领袖。不久，却发现自己只是傀儡，遂忧愤以终。
但由凉州叛乱事件，接二连三又牵引出幽州之变，并州南匈奴内侵，以及益州的暴动事件，汉灵帝不得不重新改组朝政及军政，并编组京城的五军团，以随时应付可能出现的混乱局面。
曹操便在这时候又被召进京城，以典军校尉之职，指挥军中第四大的军团。
身在茅庐的曹操，又得到了要急于召他回京的消息，并知道了是任典军校尉。他认为，这是他获得“征西将军”职位的一个大好机会。因此，便毫不犹豫地结束了隐居生活，赶到洛阳报到。
但不久，曹操又发现自己正卷入一场逐渐严重的政治斗争中。
大宦官蹇硕有意以新编的军团来对付何进，但中军校尉袁绍反而靠向何进阵营，助军左校尉赵融及右校尉淳于琼也都倾向袁绍的立场。
身为宦官后代的曹操，面对这场不得不表明立场的抉择，虽然他一再反对盲目的流血政变，但仍义无反顾地站到他的同乡少年伙伴，贵胄子弟袁绍阵营，和宦官在洛阳最寒冷的中秋展开了一场政治斗争。
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