公元183年，光和六年，夏天，全国大旱。巨鹿（河北省平乡县）人张角，信奉“黄帝”、“老子”，用法术咒语，教授门徒，创“太平教”，信徒达数十万人。他在全国设立36个军区（三十六方），大军区一万余人，小军区六七千人，分别任命高级官员，宣称“苍天已死，黄天当立，岁在甲子（公元184年）天下大吉。”第二年，因弟子告密，张角提前起义，命令各方戴黄巾为标志，36个军区，同时起义。兵锋所及，焚烧官府，劫掠城镇村落，不到一月时间，天下响应，京师震动。
三月，惊慌失措的朝廷大赦党人，命北中郎将卢植、左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱隽带兵去镇压。曹操也被任命为骑兵司令员（骑都尉），带5000骑兵协助皇甫嵩、朱隽两军在颖川（河南省少禹县）镇压黄巾军。
开始双方互有胜负，后来皇甫嵩、朱隽率军在长社（河南省长葛县），与张角的弟弟张梁、张宝带领的黄巾军对峙。黄巾军用草结成篷帐，正好刮起大风，皇甫嵩命令军士每人束草一把，暗地埋伏，于二更以后，一起纵火，直扑黄巾阵地，大呼大喊，放火烧营。
嵩与隽各引兵攻入黄巾阵地。黄巾军大营里，火焰张天，黄巾士兵大惊溃乱，马不及鞍，兵不及甲，四散奔逃。曹操又引兵杀到，于是合军再次攻击黄巾军，大杀一阵，杀死数万人。事后，朝廷封皇甫嵩“都乡侯”，曹操也升迁为济南国相。
济南是王国。东汉时，王能臣民而不能治民，治民由汉中央政府委派国相来担任，国相实际与太守差不多。济南是侯王的封国，位于东海之滨，原是西汉初年城阳景王刘章的封地。曹操上任之后，虽然经过了近10年的官场生活，对朝廷的腐败混浊，已深有了解，但仍力求把自己所管辖的地区治理好，做出点政绩，以扩大自己在社会上的影响。
济南共有10多个县，县官们贪赃枉法，为非作歹，他们不仅在地方上跟豪强大地主，互相勾结，狼狈为奸，而且在中央政府也有后台，所以曹操前任的几位国相，均不敢碰他们一下。曹操到任后，决心剪除一下这股腐朽势力，公正地选拔官吏。他经过一番调查研究，核实材料，一一加以检举揭发，一连果断地罢免了行为特别恶劣的8名县级官吏。这一行动，使济南大小豪强大为震惊，吓得许多恶霸纷纷到外郡去躲避，整个济南国比过去太平得多了。
当时济南地方迷信盛行，光是祠庙就有600多所，每年祭祀问卜，香火不绝，鼓乐喧天，远近相闻耗费大量人力财力。而一些地主豪绅、富商大贾乘机敲诈勒索，搜刮钱财，不知坑害了多少穷苦百姓。曹操素来不信天命，自言：“性不信天命之事”，反对迷信；同时，农民起义的风暴也给他很大的触动，他意识到：要防止农民起义，维护政权，必须改革弊端。
他到了济南国后，看到处处祠庙林立，迷信活动猖獗，老百姓怨声载道，深感要安定民心，必须要禁绝祭祀。
于是，他下令：立即拆毁一切祠庙，禁止一切祭祀活动。结果不到一个月，济南国境内的600多所大小祠庙，全部夷为平地；擅自搞祭祀活动的人，也都受到了惩罚。
曹操的这些打击豪强、除残去秽的行动，不仅遭到地方豪强的嫉恨，也受到中央政府里操纵着实权的宦官集团的反对，但他不愿改变自己的主张，迎合权贵。在跟豪强势力多次冲突后，终于感到势单力薄，又恐怕为整个家族带来灾祸，济南国相三年任期刚满，他便要求调回中央，重又做起了议郎闲官。公元187年（中平四年），朝廷又任命曹操做东郡（河南省少濮阳县一带）太守，他托病不愿去就职，回到家乡谯县，在谯县东50里的地方盖一所书房，谢绝宾客来往，夏秋读书，冬春射猎，自我娱乐，打算隐居20年，获得一个“隐士”的美名，等天下太平了再出来做官。
曹操初入仕途，小试才能的历程以及自己的思想轨迹，在他56岁时，也就是他做魏公前两年，发布《让县自明本志令》中可以看见。此令的前两节这样写到：
“孤始举孝廉，年少，自以本非岩穴知明之士，恐为海内人之所见凡愚，欲为一郡守，好作政教以建立名誉，使世士明知之；故在济南，始除残去秽，平心选举，违忤诸常侍，以为豪强所忿，恐致家祸，故以病还。
去官之后，年纪尚少，顾视同岁中，年有50，未名为老，内自图之，从此却去20年，待天下清，乃与岁中始举者等身，故以四时归乡里，于谯东五十里筑精舍，欲秋夏读书，冬春射猎，求底下之地，欲以泥水自蔽，绝宾客往来之望，然不能得如意。”
俗话说：“树欲静而风不止。”在这剧烈动荡的社会里，像曹操这样的人是根本坐不下来的；再说时势的变化，也不允许他悠然地做一名隐士，正如他所自言：“然不能得如意。”
这一年，在谯东一条叫泥水（大杨河）的小河旁边的小屋里，他的妻子卞氏生下了长子曹丕。十月，他父亲大司农（财政部长）曹嵩买官做了太尉，然次年四月即被免去。曹操这时在政界已有相当声望。
公元188年，中平五年，他虽屏居乡里，当冀州刺史王芬等图谋乘灵帝北巡时，以兵力威胁，诛宦官，立合肥侯为帝，前来征求他的意见时，他分析了当时的形势和条件，予以反对，他说：“更换君王，是天下最大的灾难。古时候的人有权衡成败，计算利害而这样做的，那就是伊尹、霍光了。伊尹、霍光，满腔忠诚，身为宰相，手握大权，又出于人民一致愿望才能顺利达到目的，而今，各位只看到他们当初轻而易举，而忘记了我们当今的重重困难，竟想用非常的举动，希望一击而中，岂不危险！”不久，果然王芬等终因事泄而身死。
当时，西部凉州（甘肃武威）地区的豪强将领韩遂、马腾，起兵叛乱，直接威胁到洛阳。汉灵帝为了加强防卫，于八月份在洛阳西园建立了一支中央禁卫军，任命宦官蹇硕为上军校尉，袁绍为中军校尉，曹操为典军校尉。曹操接到任命，带着家眷来到洛阳，此时他34岁了，最大的愿望是能当上征西将军，如果死了，能在墓碑上写着“汉故征西将军曹侯之墓”，也就心满意足了。
然而，他这愿望未及实现，京城洛阳就爆发了一场大动乱。曹操也被深深地卷入了其中，从此以后，他便正式踏进了风云变幻的军政舞台的中心，欲罢不能了。
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