董仲舒在江都王刘非那里度过了6年。刘非没有多少文化，又非常迷信，而董仲舒所学的《春秋》又是专门讲阴阳五行、谶纬神学的，因此，刘非对董仲舒刮目相看，时常向他请教。
江都一带时常发生小规模的农民起义，使刘非极为头痛，毫无办法。董仲舒到那以后，一面嘱咐各郡、县用儒家仁义道德去教化农民，一面又起草奏章建议朝廷用武力镇压。这样双管齐下，把农民起义镇压下去，从而博得了刘非欢心，使刘非对他更为敬重。
公元前135年4月，长陵高园殿发生火灾；6月，辽东高庙又发生了火灾。正在家里养病的董仲舒听到这两件事，心里惴惴不安，连忙抱病给汉武帝写了一份奏章，大谈“天人感应”，说汉高祖庙园失火，是天对当时政治不满，有意降祸人间。他的草稿刚写好，恰巧中大夫主父偃来看他。主父偃也是个精通孔孟学说的人，他当了官后，便搜刮民财，敲诈勒索，无恶不作。他平时与董仲舒也不合，于是便把董仲舒的草稿送给汉武帝。汉武帝看后，大发雷霆，召集使臣商讨对付的办法。当时，董仲舒有个弟子叫吕步舒，也参加了讨论。他不知道这份奏章是自己老师写的，因此慷慨陈词，要求杀掉写奏章的人。董仲舒被关进了监狱。后来，吕步舒知道了真相，百般营救，董仲舒才出了狱。此后整整十年，他都没有得到汉武帝的起用。
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