9月中旬，叶剑英主持召开了三次华南分局扩大会议，着重解决华南地区党政军统一协调问题，以及后勤和支前工作问题。参加会议的有军队和地方各方面负责人。在讨论中，大家感到，几十万大军入粤作战，后勤、支前任务十分艰巨，所需要的粮食、油盐、菜蔬、草料、木柴、交通工具、民工担架，数量都很大，要在短期内迅速筹集和动员起来，困难确实不校此外，两兵团官兵的夏衣都已破烂，急需更换，仅胶鞋就缺20多万双。
面对这些问题，叶剑英提出，地方和部队都要发挥积极性、主动性。一方面，地方党、政、民在这一时期必须集中一切力量，用尽一切办法，努力完成支前任务；另一方面，部队不要坐等，完全依赖地方的支前工作，而应随时协助地方筹措粮草，动员民工，组织运输，并准备在必要情况下自己直接就地筹粮。只有这样，才能保证不误战机。为了切实保证支前任务的顺利完成，叶剑英主持华南分局作出了《关于支前工作的决定》。决定对支前工作的任务、困难作了具体分析，对于支前的组织领导、粮食的筹集、民工担架的动员以及公路、桥梁的修建部作了具体规定。决定要求广东全省特别是粤北全区各级党政机关，必须将支前工作作为目前最重要最紧急的中心任务，各方面的工作，都应围绕着这一中心任务来进行。
三、与林彪的分歧
建立和健全组织机构，配备好干部，是摆在叶剑英面前的又一个重要问题。他遵照中共中央的意图，经过反复思索，并与分局的负责同志们多次商量，确定：广东省政府由叶剑英任主席，方方、古大存、李章达为副主席；广州市军管会由叶剑英任主任，赖传珠、王作尧为副主任；广州市政府由叶剑英兼市长，李章达、朱光、梁广任副市长，并安排对革命事业有贡献的一至二位民主人士任副市长；广州警备司令部由十五兵团兼任。其他的机构设置和干部安排，如省政府委员和广州市军管会成员的组成人癣广东各军分区的划分以及广州卫戍部队、警备部队配置等等，也进行了商拟，统一了认识。这些人事安排，都先后得到了中央的批准。叶剑英还根据中共中央的指示，召集华南分局和野战部队的负责人详细研讨了有关城市接收、城市管理、外事工作等方面的政策，并作出了明确的规定。
从9月21日开始，华南分局在赣州召开干部大会，由叶剑英作综合报告，陈赓作军事问题的报告，方方作了关于广东情况的介绍，两兵团的其他负责人，两广纵队负责人，粤东、粤北、赣南三个区党委的负责人，也在会上讲了话。叶剑英在报告中谈了任务和情况、城市政策、城市管理、团结会师、加强领导等五大问题。他首先介绍了全国解放战争的大好形势，提出了解放华南的任务、途径和办法。同时还提出了准备对付帝国主义可能发动的武装干涉和封锁的任务。他强调城市管理要严格执行政策和纪律。最后，在谈到团结问题时，他说：“团结会师，这是中央所再三指示我们的”，“团结问题要特别注意”，“现在是五湖英雄集中在一起，要把英雄主义发挥到集体上去，要正确而恰当地去处理事情。全体干部要团结起来。”①叶剑英的这个报告，集中体现了10多天来一系列会议的主要精神，对广东的解放及其以后各项工作的开展，具有重要的指导作用。
①叶剑英在赣州干部会议上的讲话，1949年9月23、24日。
9月28日，叶剑英和陈赓联名签发了《广州外围作战命令》，命令通报了敌情，分析了粤敌今后的动向，下达了迅速解放全广东的任务。命令规定：为便利作战指挥，以四兵团为右路军，十五兵团（欠四十八军）为左路军，两广纵队、粤湘赣纵队、粤中纵队组成为南路军。命令对各路军的进军方向、路线以及相互之间的协同，作了详细部署。
1949年10月1日，中华人民共和国正式成立的开国大典在北京举行。
叶剑英在赣州，从收音机里收听了这一具有伟大历史意义的盛典的实况转播。赣州市也举行了有解放军指战员和人民群众数万人参加的庆祝大会。在这欢乐的时刻，叶剑英和南下的20多万指战员无不为新中国的诞生而振奋，同时更加感到了肩上责任的重大。
从10月2日开始，各路军按照预定的部署，向余汉谋集团发起进攻，广东战役正式打响。经过勇猛战斗，10月7日，右路军攻占粤北重镇曲江。
左路军亦于10月6日和9日进占翁源、新丰。南路军则沿和平、龙川、河源向前挺进。10月10日，人民解放军推进到清远、佛冈地区，眼看广州指日可下。就在此时，第四野战军司令员林彪，忽于10月10日7时致电军委，“建议陈赓兵团即由现地（英德、韶关线）沿公路直向桂林、柳州之线前进，借以增大消灭桂敌的计算”，并称“目前似应以集中兵力歼灭白兵力为主”。
林彪对当时形势和敌情的估计是：由衡宝南退之敌军七军、四十八军主力共4个师，已被四野部队包围于祁阳以北地区，敌其他各军亦正回头北援。韶关至广州线之敌主.力正向铁路以西撤退，广州必将放弃。
中央军委鉴于这种情况，于同日23时复电林彪、邓子恢及叶剑英、陈赓：“完全同意陈赓兵团即由韶关、英德之线直插桂林、柳州断敌后路，协同主力聚歼白匪”，“邓华兵团及曾生、林平等部，独立相机奔取广州。如何部署，由叶、方、邓、赖筹商电告。”
林彪仍不满意中央军委关于“相机夺取广州”的指示，在军委复电后的第二天即10月11日10时，他又向军委发出长达1000多字的电报，极力坚持他不打广州的理由，认为：“为了广东之敌不退回广西，则我应暂不继续进攻广东”，“首先达到歼灭广西之敌，然后在军政配合下，以四野部队解决广东之敌。”如果目前拿下广东，在交通、供应、财政、军事等各方面都对我军不利。“仅仅只有在政治影响上能有较大的收获，但实际的得失相比并不合算”。因此，“建议陈、邓两兵团皆勿继续南迸，而以邓之两个军监视广东敌人”，“陈赓部则西进，参加广西作战。只要广西敌被歼，很多敌人皆可争取和平解决。故歼广西之敌，已成当前时局的中心环节。”“无论祁阳以北之敌能否被歼，目前我军仍不宜攻占广东。”
叶剑英和四兵团、十五兵团负责同志收到中央军委10日23时电后，立即进行认真的讨论研究，认为林彪估计广州之敌会向广西撤退集中，判断有误。据当时从香港等地得到的情报，敌人是打算在广州外围抵挡一阵，然后继续南逃，退入海南岛或从海上逃跑。而我军又正高速向广州挺进，战场形势对我十分有利。如果此时四兵团丢开广州，西入广西，不仅广州一时不能攻下，到广西也会由于路程太远而赶不上，难以断敌退路。有鉴于此，叶剑英和两兵团负责同志果断地决定，直接给林彪发报，坚持四兵团先参加打下广州，再入广西的原作战计划。电文中说：“以目前情况，四兵团已前进到清源地区，本日在英德以南60里之连江口，我先头部队正在围歼敌之两个团，十五兵团本日正围歼佛冈敌之一个团。
各兵团正以每日行130里以上速度向广州前进中。
“在此情况下，四兵团为贯彻执行断敌后路的任务，如向桂林，直线距离有1300里，以时间计算，不如十八军、四十六军及十三兵团来得快。因此，我们意见，四兵团不如直下三水，打下广州后不停留地用水路运输，经梧州直取南宁。
“广州守敌增加了胡琏兵团。四兵团若不参加，仅邓、赖兵团两个军（6个师）及曾、雷、林平部攻打，则时间拖长了。四兵团如立刻向桂林、柳州前进，实际上仍须集结队伍重新动员的时间，一方面路远赶不上，另一方面广州不能获得迅速解放，有两头失当的顾虑。”
这个电报是11日13时发出的。林彪收到后，于当日21时又致电军委并叶剑英等人，称：“关于广东战役问题，我们意见已详本日11时电。在广东敌人不与我作正面战斗的情况下，我们仍主张暂不夺取广州，以免促成粤桂敌人之集中。”但是，对于叶剑英和两兵团负责人的来电，他也认为值得考虑，在电报最后表示，“在对粤敌企图未判明和我军能否抓住敌人未得证实以前，陈、邓两兵团目前仍继续照原计划向广州前进。”
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