毛泽东在会上的这番讲话，引起了潘汉年深沉的思考。会议印发的关于饶漱石、扬帆在上海“重用、包庇和掩护一批反革命分子”的材料以及胡均鹤于1954年9月间被逮捕，扬帆也于同年12月31日被送往北京隔离审查等事实，使潘汉年意识到了饶漱石、扬帆的问题已经和他联系上了。因为他是上海市公安、政法的实际领导人，是扬帆的顶头上司，胡均鹤等人的处理意见，虽然最后由饶漱石拍板，但潘汉年不点头，胡也不能得到“重用”。更何况，他自己还有一块难于启齿的心病，那就是1943年在李士群、胡均鹤挟持下在南京会见汪精卫一事，由于种种原因，一直没有向中央说清楚。现在胡均鹤已经被捕，饶漱石、扬帆的问题也基本上有了结论，中央又三令五申要每一个高级干部讲清楚自己的历史问题，并表示一律采取欢迎的态度。事情到了这个地步，潘汉年深深感到再也不能也不应该继续将自己这块心病深藏起来了。他下决心响应毛泽东号召，主动向中央讲清楚自己的问题，检讨自己的过失，以彻底解除自己的思想包袱。
3月31日，会议结束的当天晚上，满腹心事的潘汉年叩开了夏衍的房门，向自己的“老搭档”诉说了心里的苦衷：“我心里有一件事，还没有向组织上说清楚。不说，我是睡不着觉的。”夏衍感到这一定是一件很重要的事，但潘汉年没有说，夏衍当时也不便问，于是便诚恳地对潘说：“那你就赶快向陈老总（指陈毅）去说清楚。”
由于自己的决心和夏衍的鼓励，潘汉年于4月1日找陈毅面谈，详细讲述了自己12年前在李士群、胡均鹤挟持下去见汪精卫的经过，检讨了自己长时期没有向组织上汇报的原因。同时将自己写的有关报告交给陈毅，请他转告中央。陈毅认为这是一个重大问题，答允他一定向中央汇报，同时安慰了他几句，要他思想不要紧张，要相信组织，相信中央。第二天，即4月2日，陈毅亲自赴中南海直接向毛泽东报告了此事，并将潘汉年的那份材料交给了毛泽东。毛泽东批示：此人从此不能信用。随后即作出了立即逮捕审查潘汉年的决定，由时任公安部部长的罗瑞卿亲自组织人员执行。再说潘汉年因亮出了长期积压在自己思想深处的这块心病，正忧心忡忡等待着中央的处理意见。但他在北京的老朋友对此却一无所闻。就在陈毅向毛泽东汇报潘汉年问题的同一天，4月2日，“民盟”中央主席沈钧儒老人听说潘汉年在北京，便打电话给胡愈之，请他专程去约请潘汉年到他家里共进午餐。
就在罗瑞卿奉毛泽东之命，向最高人民检察院提出请求逮捕潘汉年的报告获准的同一天，4月3日，著名剧作家兼电影导演吴祖光和夫人新凤霞到北京饭店来看望潘汉年和夏衍，时近黄昏，由吴祖光作东，邀潘汉年、夏衍到东单新开路的康乐小饭馆吃晚饭，同去的还有夏衍的女儿沈宁和女秘书李子云。
据吴祖光回忆，那天潘汉年和平常一样，衣着整洁，由于刚理完发而更显得容光焕发。但吴感觉到他不像往常那样兴致勃勃，似乎有一些忧郁，整个晚饭时间很少讲话，饭后也是他首先提出要回饭店休息。
潘汉年回到了北京饭店他住的303房间。
晚上8时许，潘汉年正准备休息，突然接到一个电话，说楼下的客厅里有人找他，请他马上下楼去一趟。由于毫无思想准备，潘汉年穿着拖鞋匆匆下了楼。
找他的人不是别人，却是中央公安部部长罗瑞卿。
当潘汉年来到客厅后，罗瑞卿立即向他宣布了对他逮捕审查的决定，然后由几名便衣干警“陪着”，走出了北京饭店大门，乘上了等候在那里的一辆小车。转眼间，小车便消失在夜幕之中。
潘汉年对自己走上这一步，似乎有所预感。早在1953年的一天，潘的好友唐瑜夫妇到潘家作客，同去的还有夏衍、于伶、叶以群、蔡叔厚等人。饭后，他们在院庭的一株玉兰花树下聊天，唐瑜的妻子夸奖他的保姆，于是，就有了潘、唐之间的一段对话：
潘：“介绍给你们怎样？”
唐：“你自己呢？”
潘：“我可能要调动工作。”
唐：“那你就带她去吧。”
潘：“我去北京得住集体宿舍。”
唐：“部队的集体宿舍都可雇用保姆，何况一般的机关。”
唐瑜以为潘汉年是说着玩的。临走的时候，潘汉年还送给他一只烟盒和打火机，还说他要戒烟了。唐瑜后来才明白，潘的那次谈话是隐隐约约地向他的朋友们透露心事，说明了某种预感。
然而这天来得太快了，也太突然了，连潘汉年自己也毫无准备。
由于此事的高度秘密，潘周围的人和他在北京的朋友们根本就被蒙在了鼓里。发觉潘汉年不在，他们着急起来了：潘汉年到哪里去了呢？是失踪了，还是另有什么紧急任务暂时离去？
最焦虑的是潘的警卫员相其珍。相那天晚上去看京剧，回来时已经12点多了，他发觉潘不在房间里，身为一个警卫人员，首长不见了，能不让他着急吗？他马上到陈丕显、夏衍那里去打听，都说没有见到过他。夏衍的秘书李子云说：“好像是中南海周总理那里打电话找他，他下楼去了。”当时周恩来总理正要准备参加万隆会议，潘本来就是一个来去飘忽的神秘人物，周临时给了他一个紧急任务，立即出差到不能公开的地方去，这样的臆测，当然也合情合理。不过，在没有确实证明潘的真正去处之前，相其珍也好，夏衍也好，总是放心不下。
次日一早，夏衍拨通了吴祖光家的电话，询问潘汉年昨晚是不是住在吴家，他告诉吴昨晚潘汉年一夜没有回来，不知到哪里去了。吴当然什么也不知道，只是他明明看到潘是坐汽车回北京饭店的。
正当相其珍、夏衍等四处打听潘汉年去向时，上海市委第二书记陈丕显赶来对他们说：“你们不要着急，潘汉年有要事离开北京了，来不及找你们。他到什么地方去了，我也不清楚。”
为了防止张扬，中共中央副秘书长谭震林将潘已经被捕的消息直接通知夏衍，并嘱他一定要严守秘密。
潘汉年被捕之时，第一届全国人大常委会第九次会议正在北京召开。4月5日，陈毅在人大上海代表团开会时宣布，潘汉年被捕了。他对代表们说：潘从事革命工作多年，在上海的人大代表中就有很多和他相识或时有来往的，请不要担心。因为潘是由内奸问题被捕的，这事发生在1943年。在这以前他做过许多工作，都是党中央交给的任务，并没有叛党的嫌疑。显然，陈毅的话是留有余地的，他对潘的所谓“内奸”问题表示了怀疑，也希望与潘汉年有来往的各代表要有一个正确的态度。
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