要利用全国电台、报纸，群众会议，广泛地宣传这件事情真相，揭露国民党破坏抗战的罪行，让全军都要记住这血的教训。”王稼祥说。“现在，全国人民展开了大规模的抗议运动，国民党爱国人士、海外华侨、中间阶层都转而支持共产党，蒋介石现在已经孤立了。中共中央已准备重新组建新四军军部并要向国民党提出惩办何应钦、顾祝同和上官云湘三名战犯。释放在上部的新四军和枪支。释放叶军长。”王稼祥点了点头。1939年2月，总政治部，整军会议。谭政主持了会议，他对整军工作的形势任务进行了详细的分析。
他说：“中央军委根据当前我军发展形势，根据地建设，认为有必要来一次整军。我认为这是非常正确的。随着这几年我军扩军工作的发展，我们的力量有了很大发展，但是，也有很多问题，国民党散兵兵痞、流氓、土匪、奸细、敌探都会混进来，影响我军的素质，部队中官打兵的军阀主义现象，许多党的组织因紧张的战斗，缺少对广大党员进行经常性的教育，党员发展工作在复杂环境中进行，教育不够，难免会发生问题，因此，要加强军队建设，开展整军运动是十分必要的。”
王稼祥说：“我们必须认真地对待这次整军，加强党对军队的领导，清除异己分子，敌特分子，和严重违纪分子，严格按党员标准发展新党员，建立对部队经常审查制度，对新党员进行集中训练一次。要用马列主义阶级教育、无产阶级思想意识教育部队，用党的政策教育部队，提高部队战士理解党的政策水平和遵守执行的自觉性。”傅钟说：“为了保证这次整军的质量，我看有必要成立相应组织机构，并派巡视团，各主力兵团再派检查员，层层检查；这样，就能保证质量。”谭政说：“我完全同意这种做法。”经过讨论，总政治部立即起草了文件，下发下去。
1939年2月，八路军总部发出了整军训令，华北各部队连续进行了三期整军。1939年6月22日，中央军委和以谭政为主要负责人的军委总政治部又指示全军，“在巩固部队方面应继续整军”，并指示“新四军及华中部队应采取八路军之经验，加强教育工作（除抗日教育外应加强阶级教育），加强党的工作，务求关于目前形势及我党任务的解说工作，深入战士群众。”为了使整军工作在战争环境中有领导、有计划、有秩序地进行，在谭政及军委总政治部统一要求、号召下，各部队各级政治工作机关，根据各自的实际情况，都制定出整军政治工作保证计划，与军事、后勤机关密切配合，努力创造条件，利用战斗的间隙，分期分批抓紧开展了对部队的整训工作。有的地区（如冀南），还成立了整军的统一领导机构——整军委员会，加强了对整军工作的领导。
以谭政为主要领导的军委总政先后派出了考察团、巡视团，分赴晋西北、晋察冀、冀中、冀南、冀鲁豫等地区，加强了对部队工作的检查和指导。在谭政等总政领导的指导与关怀下，整军工作获得了明显的效果。通过整军，深入开展了党的路线教育、政治工作作风传统教育以及文化教育等，逐步确立了干部、战士、党员的政治、文化教育制度，审查和整顿了干部队伍，实行了对干部的定期审查和鉴定制度，加强了对新干部的培养和训练，增进了新老干部之间的团结，加强了各级领导。同时，洗刷了混人部队的敌探、奸细、土匪、兵痞、流氓，保证了部队的纯洁性，基本上克服了一些部队存在的严重逃亡现象。许多部队还运用民主的方法，整顿了官兵之间的关系，克服了打骂现象等军阀主义倾向和自由散漫等游击习气。
整军中，在谭政等军委总政的领导下，各部队都把加强党的建设摆在了首位。由于部队数量的猛烈扩大，大量发展党员的结果，形成了部队中抗战前的老党员比例下降、新党员占绝对多数的状况（据军委总政1940年统计，八路军、新四军中的新党员占党员总数的百分之八十以上）。加之其他原因，如新党员发展工作环境复杂、速度快、党内教育不够、党内民主生活不健全等原因，造成了部队中党的组织不纯，党员队伍素质下降等现象。
为了解决上述问题，加强部队中党的建设，以谭政为主要领导的军委总政治部先后于1939年6月和7月13日，发出《关于加强部队党内教育的训令》和《关于加强党的工作的训令》等，指示各级政治机关在领导整军工作中，“应以巩固党，强化党的工作，加强党内教育，作为目前党的工作的基本方向”，并决定在三个月内，将党龄一年及一年半以内的新党员，举行了一个有计划大规模的训练。
在谭政等军委总政的推动下，八路军野战政治部召开了晋东南各部队第一次组织工作会议，并且在发出的《政治整军训令》中，更加明确地指出了“政治整军的主要内容是加强党的绝对领导”，“各兵团首长必须以加强党在部队中领导为目的而工作”。这样，各部队对党员队伍进行了审查工作，洗刷了混入党内的异己分子、投机分子及敌探奸细，处罚了违犯党纪的党员。同时，在发展党员工作上，坚持了积极的慎重的个别发展的方针，严格按党员标准和手续接收新党员，建立了党员的经常审查制度，加强了党员的系统教育和党员实际生活的锻炼。开办了干部党员、新党员等各种训练班，进行马列主义的阶级教育、共产党员的标准、思想意识教育等，加强对党的决议、政策的专门讨论，提高了党员掌握党的政策、实现党的政策的水平。此外，各级政策机关还特别注意加强了连队党支部的建设，普遍开展了对支部书记、支部委员和党的小组长的培养训练，建立健全了支部委员会的组织与工作。在整军中，谭政还十分重视加强新部队的政治建设。1939年2月25日，在谭政主持下，军委总政治部指示各级政治委员和政治机关，在整军工作中，应特别注意对我党领导力量薄弱、把握最少的新部队的整理。
6月，中央军委及总政治部又发出了《关于整理与巩固新部队的训令》，指示各主力兵团，选派有能力有经验的干部组成考察团、巡视团，分派各地，协同当地党政机关进行帮助整理与巩固新部队及地方武装。在新部队中，建立、健全党的领导和政治机关，确立党的活动和政治工作的合法地位，提高政治委员及政治工作在新部队中的威信。此外，在整军中，以谭政为领导的军委总政治部还协同中共中央、中央军委，对残废军人的待遇问题做出了妥善的处理。
1941年10月1日，中共中央、中央军委、总政治部发出《关于妥善处理残废军人的指示》，指出：
战争持久，残废人员的数量将随之增多，处理残废的工作将益加繁重，而这个工作又与提高我军战斗力是不能分离的。因此，对残废军人，不论新老、不论干部与战士，均须加以爱护。任意处置残废的现象，必须认为是犯罪的，应当进行坚决的斗争。从军、师、纵队、军区一级起，至旅、分区、支队一级止，均设立抚恤委员会。这样，在谭政为副主任的军委总政治部的推动下，我军的整军工作获得了全方位的成效。
1939年6月中旬一天晚上。谭政窑洞灯光下。
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