邓小平早在40 年代初就提出反对“以党治国”论的口号，1941 年4 月15 日他在《党的生活》上刊文历数“以党治国”的表现和恶果：
以党治国论者“把党的领导解释为‘党权高于一切’，遇事干涉政府工作，随便改变上级政府法令；不经过行政手续，随便调动在政权中工作的干部；有些地方没有党的通知，政府法令行不通，形成政权系统中的混乱现象。甚有把‘党权高于一切’发展成为‘党员高于一切’者，党员可以为非作歹，党员犯法可以宽恕。其结果怎样呢？结果非党干部称党为‘最高当局’（这是最严酷的讽刺，不幸竟有人间之沾沾自喜！），有的消极不敢讲话，有的脱离我们以至反对我们，进步分子则反为我忧虑。结果群众认为政府是不中用的，一切要决定于共产党。于是要钱的是共产党，要粮的是共产党，政府一切法令都是共产党的法令，政府一切错误都是共产党的错误，政府没有威信，党也脱离了群众。这实在是最大的蠢笨！结果党的各级指导机关日趋麻木，不细心地去研究政策，忙干事务上的干涉政权，放松了政治领导。结果党员‘因党而骄’，在政权中工作的党员自高自大，盛气凌人，自以为是，看不起非党员，自己可以不守法，不遵守政权的纪律和秩序”。“总之，“以党治国’的国民党遗毒，是麻痹党、腐化党、破坏党，使党脱离群众的最有效的办法。我们反对国民党以党治国的一党专政，我们尤要反对国民党的遗毒传播到我们党内来”。（《邓选》ⅢP.11—12）
80 年代邓要反对的“党政不分”、“以党代政”与40 年前他所申斥的“以党治国”现象有什么两样？战争年代以党治国的遗毒再加上1949 年以后的执政地位，党权怎不高于一切？
邓认为权力过分集中是传统体制的一大弊端，并且是其他请弊的总根源。权力又是怎么集中起来的？就是借口加强党的一元化领导，不适当地把一切权力（所谓工农商学兵、党政军民学、东西南北中）都集中于各级党委，而党委的权力又集中于几个书记，特别是集中于第一书记，在中央则是集中于党的主席，结果所谓党的领导变成个人领导。毛泽东时代也曾看出权力过分集中不利于发挥地方和下级的积极性，搞过几次分权，但是每次都没有触及到党政不分、以党代政这个要害问题，所以分权只能是一句空话，集权之弊越积越深。
现在邓抓住了要害：政治体制改革的目标是调动积极性，提高效率，克服官僚主义，而效率不高主要是因为党政不分，在许多事情上党代替了政府工作。所以“改革的内容，首先是党政要分开”，解决“党同政府、经济组织、群众团体等等之间如何划分职权范围的问题”。邓认为这是所有政改方略的关键所在，“要放在第一位”。
党为什么不能包办一切？首先还是那个老问题：外行能否领导内行？一日在党的干部会议上邓问道：“共产党员中具有专业知识的人究竟有多少？特别是我们的领导干部中具有专业知识的有多少？”这一问肯定使不少人脸上难看。据1982 年国家统计局人口普查推算，近2200 万干部中，大专程度占21％，高中占42％，高层领导中至少有一半文化水平偏低，广大中下层领导干部就更低。然而邓接着说：“党员就是具有了专业知识，党也不能够代替一切，包办一切，现在尤其不能这样”。（《邓选》ⅢP.234）
1980 年邓宣布了一条规定：“今后凡属政府职权范围内的工作，都由国务院和地方各级政府讨论。决定和发布文件，不再由党中央和地方各级党委发指示、作决定”，以便“真正建立从国务院到地方各级政府从上到下的强有力的工作系统”。（《邓选》ⅢP.299）
党政关系怎么摆，完全取决于党。邓陆续采取一些组织体制上的措施，例如从中央开始，党的主要领导不在政府中兼职；各级党委不设管政府工作的专职书记；撤销政府部门中的党组；撤销党委机构中与政府机构对口的经济管理部门；法律范围的事应由国家和政府管，由党直接管不合适。
基层则普遍实行党委领导下的厂长（以及军队首长、学校校长）负责制，党委只管大的政治问题、原则问题，厂里的生产、行政方面的管理工作，由厂长负责统一指挥。党的领导体制大概就到这一级为止，至于工厂的车间、学校的系，邓不主张由党总支领导。
这些大致就是邓的“党政分开”。邓这样作决不是要削弱党的最高权力，而只是限制党干预日常的政府工作和经济事务。在他看来，“干预太多，搞不好倒会削弱党的领导”。（《邓选》P.164）党应该居于领导地位，问题在于党管政府怎么管法，党实行领导通过什么手段？像过去那种管法，坚持不了党的领导，提高不了党的威信。邓的管法和手段比较高明：党只掌握方针政策并决定重要干部的使用；党的主张通过法定程序变成国家意志和政府法令；然后，党通过政治思想工作和党员在群众中的模范带头作用保证其实行。
邓对他的这套改革措施寄予很大希望，他希望通过这些方法恢复共产党在全国各族人民中、在国际上的地位和作用。联系到苏联、东欧各国共产党的命运，人们不能不佩服邓公“补天”的胆识和谋略。然而他的“补天术”在实施过程中仍然遇到很难克服的矛盾：一方面不允许党滥用权力，另方面又不能使党失去控制局面的能力。党又要处于领导地位，又不能干涉太多，这样的艺术确实不易掌握。因此在地方上普遍存在党、政、人大三家不协调的现象，在企业中则时不时冒出书记“核心”和厂长“中心”的矛盾。
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