袁隆平在这篇论文中，提出了选育超高产组合的4条途径，其重点是培育“核质杂种”。袁隆平总是不断提出新的科研课题。湖南杂交水稻研究中心党委书记全永明说：
“创新是贯穿袁隆平院士科研活动的一条主线，强烈的创新意识，非凡的创新胆略，执著的创新精神，独特的创新风范，是袁先生获得成功的要诀。”
袁隆平认为，现在的籼型不育系，也是一种“核质杂种”，是一种野生稻的胞质和栽培稻的胞核互作型的“核质杂种”。这种“核质杂种”表现出雄性不育和有卡颈等“负效应”。
袁隆平提出了他的新设想：根据唯物辩证法原理，任何事物都是一分为二的，有“负”必有“正”，如果将籼稻的细胞核导入进化程度较高的粳稻细胞质中，育成粳质籼核的“核质杂种”，就可能出现“正效应”。这种“核质杂种”，其后代既可能具有高产的杂交优势，又可能恢复正常育性。那时就不再需要年年制种了。
袁隆平根据超高产育种的要求，又果断地从“核质杂种”研究中跳了出来，到更大的研究领域中去探索。用他自己的话来说：
“只有采用新的育种材料和选用新的育种方法，才能在产量上有新的突破！”
袁隆平对这一新的设想，通过育种实践，进行了一些有益的探索，从一些试验材料中看到一些苗头，但没有产生出符合生产要求的组合。袁隆平并不因此而泄气。他在回顾这一段探索历程时，谦逊地说：
“我的有些设想不一定都是正确的。设想的正确与否全靠实践检验！”
“核质杂种”超高产育种的实践，使袁隆平陷入了深深的思考：为什么没有按照理论设想产生出“正效应”的“核质杂种”呢？如果产生这种“核质杂种”，其后代既可能具有高产的杂交优势，又可能恢复正常育性，那时就不再需要年年制种了，这正是广大农民的迫切要求！
是“核质杂种”的设想不科学吗？袁隆平也无法轻易否定。
“三系”杂交稻进行“三系”配套的艰难历程，为他提供了取之不尽的精神财富。他想，自己当年对水稻“三系”的设想，也是符合科学的，但把设想变为现实，却是那么艰难！前6年培育的南广粘不育材料，一直没有找到理想的保持系，而无法实现“三系”配套。只有神奇的新材料“野败”被发现以后，才打开了突破口，而后只用了3年时间，便实现了“三系”配套。这就充分证明：一个正确的认识，往往需要经过由物质到精神，由精神到物质，即由实践到认识，由认识到实践这样多次的反复才能够完成。超高产“核质杂种”的产生，也必然要经历反复探索的过程。
1987年，袁隆平发表了具有里程碑意义的重要论文《杂交水稻育种的战略设想》，提出“三系法品种间杂种优势利用、两系法亚种间杂种优势利用和～系法远缘杂种优势利”用这样三个战略发展阶段。这一年，国家科委将“两系法品种问和亚种间杂交稻选育”以及“水稻无融合生殖研究”列为国家“863”高科技课题。袁隆平担任“863-101-01”专题组组长，并亲自主持了
“水稻两系法亚种间杂种优势利用”课题。袁隆平牵头组建了两系法杂交水稻协作组，开展了全国性的协作攻关。袁隆平以一个科学家的过人胆识和丰富经验，几度调整研究方案，使得两系法杂交水稻研究得以顺利进行。
1995年，袁隆平郑重宣布：两系法杂交水稻研究基本成功。
在袁隆平两系法杂交育种理论的指导下，两系法杂交高粱、两系法杂交油菜、两系法杂交棉花、两系法杂交小麦等一系列新品种相继研究成功。
我国农作物育种出现了史无前例的辉煌局面。
人们感慨地说，在杂交水稻处于迷茫或转折时期，袁先生总能够提出正确的思路，令同行们茅塞顿开，眼前豁然开朗。为什么总会出现这样的状况？袁隆平的秘书辛业芸对此解释说：
“这就是袁先生胆识过人之处。面对困难，袁先生毫不退缩，总是善于抓住关键，凭借丰富的实践经验，为突破困难，做出理论设计，再到实践中寻求答案。从理论到实践，再到理论，再回到实践，直至获得成功，这就是袁先生成功的秘诀。”
袁隆平在自己书房内挂有自己写的一首七绝：
山外青山楼外楼，
自然探秘永无休。
成功易使人陶醉，
莫把百尺当尽头。
这首诗表达了袁隆平探秘杂交水稻永无休止的决心。
有人说，袁先生那聪颖的大脑中，似乎潜藏着一座巨大的水稻宝藏，对这座宝藏的开采，似乎无尽无休。
袁隆平说：
“人类本身便是大自然的杰作。人体共有1万多亿个细胞。这么多的细胞，不仅能够互相协调，而且每个细胞都有其特殊分工，从而使整个人体处于高度有序的状态。”他说：“最神秘的要数我们人类的大脑，它使人们有喜怒哀乐，还能够思维，能够理解，能够想像，能够创新。”“人类是大自然生命的高级阶段，所以人类有义务把某些处于低级阶段的生命例如我们研究的对象——水稻，向高级阶段推进，再推进！”
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