郑介民对这次失败很不甘心，耿耿于怀。3月，马歇尔、周恩来、张治中三人小组视察集宁时，军调部三委员和晋绥军区司令员贺龙陪同。郑介民和张治中又提出了集宁调处的是非间题。周恩来、叶剑英当然毫不让步。后来，马歇尔只好说：“过去的事情就让它过去了，更重要的是今后的事情。”
围绕集宁调处问题的斗争，是中共代表团在叶剑英领导下坚持停战原则的一个成功范例，它对于后来中共方面处理其他地区的军事冲突问题，提供了经验。
五、东江纵队撤退与中原军区突围
广东东江纵队的处境，是叶剑英一开始就十分关注的一个重要问题。东江纵队在8年抗战中，积极打击日伪军，先后建立了总面积达6万余平方公里、人口约450万以上的解放区。香港沦陷后，他们救护港九同胞脱险，援助香港文化界人士，支援英美军事当局工作，受到中外人士赞扬。然而，国民党当局竟将这样一支抗日有功的人民军队诬蔑为“土匪”，在停战令颁布以后，公然以“剿匪”为名，疯狂地向东江纵队进攻。
为了制止国民党军队的进攻，叶剑英在军调部三委员会议上，多次提出，应迅速派执行小组到广东调处。国民党代表极力反对，声称广东没有中共部队，没有必要往那里派出执行小组。叶剑英则摆出事实，据理力争。后来，郑介民、饶伯森被迫同意派出广东执行小组。1月25日，该小组代表抵达广州。
执行小组到达广州的次日，广东国民党军方就发表谈话，拒绝承认中共领导的华南抗日游击队，污蔑游击队为“土匪”。对于国民党当局颠倒黑白的谎言，小组中共代表方方理直气壮地进行了驳斥。在北平军调部，叶剑英一次次地揭露广东军事当局进攻东江解放区的罪行，要求军调部立即发电制止，并令广东执行小组到现场监督停战。
在国内外进步舆论的压力下，经过军调部的督促，广州行营于2月18日“奉命同意”广东执行小组前往惠州地区“视察”。
2月25日，叶剑英致函郑介民和饶伯森，指出张发奎让广东小组赴惠州，是精心策划的骗局。因为，他们事先已派出军队进攻并占领了惠州我东江纵队驻地。他们让小组到达该地“视察”，无非是为其“东江无共军”的谎言进一步找借口。叶剑英再次呼吁广东军事当局停止对东江纵队的进攻，并允许小组对真实情况进行调查。
然而，广东军事当局一意孤行，继续阻挠调处。在此情况下，叶剑英致电在重庆的周恩来，请三人小组讨论广东调处问题。三人小组研究了叶剑英的电报，经过磋商，国民党和美国方面的代表不得不承认以曾生为司令员的东江纵队的存在，并同意将东江纵队撤离广东，由美方协助运送山东烟台。
东江纵队撤退的协议达成以后，广东小组就实现这些协议的具体内容，继续进行商谈。至4月下旬，大多数问题都已得到解决，但有两个问题在广东小组和军调部本部又进行了反复磋商，才达成协议。
其一，关于东江纵队撤退途中的安全问题。中共代表主张，为保证东江纵队由内地撤到海岸港口的安全，驻淡水的国民党部从应撤到平山，驻龙岗的部队撤至平湖或深圳。国民党代表坚持原来驻军的位置不动。在三委员会议上，郑介民说，如果驻龙岗和淡水的国民党部队撤出，到时地方民团发动进攻，他们不能负责。鉴于这种情况，叶剑英提出三点建议：由军调部三委员致电张发奎，令其保障东江纵队撤退安全及考虑走廊区问题；在东江纵队撤退途中，除派小组随行监视外，并令该地国民党部队派联络参谋随军行动；由叶剑英与郑介民分别致电张发奎，请他重新考虑东江纵队撤出的安全。郑介民对此表示没有意见。饶伯森见此情景，开玩笑说：我非常同意这个办法。
两位委员都是广东人，我想一定能得到一致协议。
其二，关于东江纵队撤退费用借款问题。中共代表计算需要法币①9.8亿元，国民党代表提出为2.73亿元，因数目相差较大，无法取得协议。在三委员会上，美方代表提出一个3.326亿元的折衷方案，征求双方代表意见。双方代表对此仍存在分歧。后经军事三人小组商定，由广东当局垫忖粮款3.7亿余元。与此同时，叶剑英经请示中共中央同意，在军调部又设法筹集了一部分经费，派人送给东江纵队。此后，东江纵队按指定地点集中，除复员1700名战士外，留下2500人，由曾生司令员率领，于6月29日开赴大鹏湾。傍晚，北撤部队登上军调部派来的美军的五八五号、五八九号、一〇二六号三艘军舰，30日8时启航，7月5日，安全抵达山东解放区烟台市。至此，叶剑英心中的一块石头才落了地。
①1935年11月4日国民党政府实行法币政策，规定以中央银行、中国银行、交通银行（后增加中国农民银行）发行的钞票为法币，禁止银元在市面流通。同时规定法币汇价为一元等于英镑一先令二便士半。至1946年，法币已急剧贬值。1948年8月19日，国民党政府发行金圆券以代替已崩溃的法币。
中原地区的军事冲突，是叶剑英通过军调部迫切需要解决的又一突出问题。停战令公布后，中原军区部队为执行停战协议，从桐柏山区转移到了鄂豫交界的罗山、光山等地区。然而，国民党方面一再违反停战协议，先后调集11个军26个师共30余万人的兵力，将中原军区部队重重包围，妄图予以“围歼”。
军调部建立不几天，叶剑英即将中原地区的严重局势提到了国民党和美国代表面前，要求立即派出执行小组去监督停战。而国民党代表却借故拖延。
经过叶剑英一再争取，国民党和美国代表才同意组成由中共代表薛子正、国民党代表邓为仁和美方代表福特组成的汉口第九执行小组。1946年1月下旬，小组奔赴河南罗山、应山视察，并会同当地国共双方驻军代表——中共代表王震、国民党代表宋瑞珂，签定了《罗山协定》与《应山协议》。两个协议中规定，双方部队在国共问题未解决之前，均停驻于现地，不得向对方进攻。可是，国民党军队不仅不执行协议规定的停战条款，还变本加厉地向中原军区部队发动进攻，占领解放区村镇1000余处。他们还派遣特务到中原军区部队驻地造谣，放毒，暗杀，并实行经济封锁，妄图“困死饿毙”解放区军民。
对于中原军区部队的困境，叶剑英忧心如焚。2月中旬，他就如何解决中原军区部队的粮食供应问题，向军调部提出两项紧急措施：第一，准许中原军区部队主力根据联合命令第二条规定，移驻于平汉路西产粮区，以便就地解决粮食困难；第二，如上述措施难以实现，中原军区部队则转移到皖东、苏北地区，靠近新四军军部，以便于将来进行整编。国民党和美国方面的代表对此却不同意。3月初，叶剑英随军事三人小组到武汉视察，又提出中原军区部队易地就食的问题，国民党政府代表仍表示拒绝。
中原军区部队和中原局总共有近8万人，每月需要补助给养经费法币3亿元左右。为了解决这一难题，叶剑英在极其困难的境况下，利用他在军调部的合法地位和身份，采取许多措施筹集经费，然后设法送到中原军区，帮助他们渡过难关。
为了更有效地制止国民党军队对中原军区部队的进攻，叶剑英在军调部经过反复斗争，并经过周恩来在三人小组的努力，迫使国民党、美国方面的代表同意，于5月10日签定了《关于停止中原内战的汉口协议》。此后，国民党军队的进攻行动暂时有所收敛。
六、恢复交通线之争
在紧张激烈地进行停止军事冲突问题谈判的同时，叶剑英还同国民党和美国方面的代表，进行了关于恢复交通问题的谈判。
早在1945年8月至10月国共两党在重庆谈判时，恢复交通就是一个争论很大的问题。中共代表提出：恢复交通必须以全面停止内战为前提，必须停止国民党部队对解放区的进攻和侵占。国民党代表不同意中共方面意见，并以“遣返日俘”和“恢复经济建设”为名，要求解放区军队让出铁路线。
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