1957年潘案的审查告一段落，1958年有关办事机构也解散，但案件本身却成了一桩悬案，只审不判，也无法定案、结案。有关部门对潘汉年的处理有一条既定原则：不杀。这是因为毛主席于1956年4月在中共中央政治局扩大会议上作《论十大关系》的报告中说：机关、学校、部队里面清查反革命，要坚持一个不杀，大部不捉。毛主席说：“什么样的人不杀呢？胡风、潘汉年、饶漱石这样的人不杀”，“不杀他们，不是没有可杀之罪，而是杀了不利。”
事情拖到1962年，国内各方面政策有所调整的时候，毛主席在1月30日七千人大会上的讲话中又提到了潘汉年；他说：“有个潘汉年，此人当过上海市副市长，过去秘密投降了国民党，是个CC派人物，现在关在班房里头，但我们没有杀他。像潘汉年这样的人，只要杀一个，杀戒一开，类似的人都得杀。”这番话似乎是从政策宽容的角度讲的，但却又给潘汉年增加了一条罪名：“投降国民党、是CC派人物”。5月30日，中央对公安部关于处理潘案的请示报告作了正式批示：潘汉年是一个暗藏在党内很久的内奸分子。他的罪行极为严重，论罪该杀，由于是从内部查出的，因此给予宽大处理。
1963年1月9日，最高人民法院对潘汉年案正式开庭审理，并当场宣布终审判决：判处潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。不久，根据宽大处理的精神，认为潘汉年在押期间认罪服法，确有悔改，而且服刑期已超过刑期一半以上，宣布将潘汉年假释后交公安机关管制。
2月13日潘汉年出狱，以“刑释管制分子”的身份和夫人董慧一起被安置在北京南郊团河农场。他的生活境遇虽然有所改善，每月发生活费200元。能够探亲访友、看书写作；但是，他依然是戴着“反革命”帽子的刑释犯，他的“罪名”已经法律认定，能不委屈吗？据他的知友唐瑜回忆，他和唐瑜在这时重逢时，潘自责对人轻信，几乎陷入敌人的圈套，但没有承认自己犯罪和对革命事业有什么损害。潘还说过，几年中他一直在写材料。有一次，潘汉年夫妇去逛颐和园时，巧遇正在陪同外宾的陈毅。陈毅亲切地问了他们的近况，并说要设法催促上面一下。可见，在团河农场时期，有人在关心解决潘汉年的问题，潘汉年自己也在耐心地企盼着柳暗花明的那一天会到来。
“文革”劫难
祸害全国的“文化大革命”发生以后，一切都出乎人们的意料。在这场政治风暴中，潘汉年当然也难逃厄运。“中央文革”为了彻底砸烂所谓旧的公、检、法，给中央公安部领导人和办“潘扬案件”的人员强加了“包庇反革命分子潘汉年”的罪名，将他们都送进了监狱。1967年3月，中央文革小组一纸命令：“请谢富治同志再把扬帆、饶漱石、潘汉年抓起来。”于是，潘汉年和董慧又被收监受审。1981年审理林彪、江青反革命集团案件时，陈伯达亲笔供认；这个没头没尾的纸条“是我开会时受命写的”，“笔迹是我的”。
潘汉年在这一次坐牢期间受到的“审讯”和生活待遇，和上一次有天壤之别。在无休止的折磨下，年已61岁的潘汉年的健康状况迅速恶化。1967年10月，监狱当局给上级主管部门提出了潘汉年已初步诊断为肝癌的病情报告。有关负责人当即请示谢富治，建议专案组抓紧审讯，并给潘增加一点营养，使他多活一些时间，“以利搞清潘犯的问题和挖出更多潘所知道的材料”。这个报告经过谢富治、戚本禹等人审阅同意，最后经江青批准。从这之后的三个月内，潘汉年竟遭到了47次突击审讯。一个多月以后，为了审讯他解放后的“罪行”，又在38天内对“连续作战”41次。身患重病，倍受虐待的潘汉年的身体进一步垮了下来。
经过近三年的突击审讯，大规模的内查外调，在没有发现任何新材料的情况下，1970年7月3日，专案组向“中央文革”提出了关于潘汉年的“罪行审查”和“判刑意见”的报告，提出了对潘汉年“永远开除党籍，判处无期徒刑，剥夺政治权利终身”的处理意见。这一报告经江青送“主席、林副主席、永胜、富治、叶群、作鹏”等圈阅同意。
真正执行这一处理意见却是1975年3月后的事。1975年，在恢复整顿、加强落实政策的形势下，当时的中央加快了各专案工作结案处理的步伐，统一部署将重要犯人分散安置到各地去。潘汉年专案组报经批准，决定对他“维持原判”（即维持1970年7月的判刑处理意见），将他和董慧放到湖南劳改单位，每月各发生活费100元。但是，1970年决定的判处无期徒刑，是在没有办过任何改判的法律手续下否定了1963年的15年有期徒刑；而且是在没有发现任何“新罪行”下的“从严”处理，怎么能说是“落实政策”呢？所以，当专案组向潘汉年宣布安置他到湖南去时，对审查结论和具体处理意见，避而不提。
1975年5月29日，潘汉年在度过了“四人帮”时期的8年冤狱生活之后，被押送到湖南省公安局（“文革”时厅都改为局）所属第三劳改农场——茶陵县洣江茶场安置。他没有公民权，没有通讯自由，不准接近其他犯人，离开场部要经省劳改局批准。尽管是个特殊犯人，但他毕竟可以和同时进秦城监狱而又8年未见的董慧重逢了。夫妇俩相依为命的农场生活，是潘汉年苦难生涯的最后的安慰。
1976年10月，祸国殃民的“四人帮”被一举粉碎后，潘汉年夫妇重新鼓起昭雪沉冤的期望，相信党会重新考虑自己的问题。董慧曾经出面向当时的中共中央负责人写过简略的申诉信，陈述她和潘汉年“并无两心”。但是，在同年冬天，潘汉年的健康状况却严重恶化，多病并发。为了要从茶场医院转到省城医院作进一步检查，经过层层审批，1977年3月24日，潘汉年才得以用“肖叔安”的化名住进长沙湖南省医学院第二附属医院的病房。尽管医院采取了治疗抢救措施，但毕竟无法挽救潘汉年垂危的生命。4月14日19时54分，71岁的潘汉年终于含冤逝世。一个大革命时期入党，在党内历任重要职务，对党和人民事业作出许多重要贡献的共产党员，经过22年冤狱的灾难，不明不白的死去，能不死而无憾、死而无怨吗？党的十一届三中全会之后，恢复了党的实事求是、有错必纠的优良传统，潘汉年的沉冤才得以平反昭雪，恢复了他作为真正的共产党员在中国革命历史上应有的地位。
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